胰蛋白酶用于生化研究，蛋白质的结构分析和序列研究，蛋白质的消化和分解，临床上常用于治疗各种炎症、溃疡、创伤、血肿、水肿、癣疥及其他皮肤疾患，也可用于治疗肺气肿、支气管炎等疾病。;用于外科上各种溃疡和发炎坏疽、创伤唑损伤、瘘孔等产生的水肿、虫肿;胰蛋白酶可作为蛋白分解酶。外科主要用各种溃疡、炎症、创伤、坏疽、瘘引起的局部脓肿、水肿、亦用于毒蛇咬伤等症；皮肤科主要用治疗癣疥及其他皮疾患。内科主要用于脓胸、肺气肿、支气管炎、支气管喘息等症。但是用药后可能引起寒战、发热、头痛、胸痛、腹痛、呼吸困难、皮疹、血管神经

胰蛋白酶的水溶性为:Soluble in water (10 mg/ml), phosphate buffers (10 mg/ml), and balanced salt solutions (1 mg/ml).