DAPI 是一种可以与 DNA 进行强力结合的最常用的荧光染料。DAPI 结合至双链 DNA小沟 的AT碱基对位置，一个 DAPI分子 可占据约三个碱基对位置。结合到 双链DNA 上的 DAPI分子 后的荧光强度大约可提高20倍，一般采用荧光显微镜进行观测即可，依据荧光强度可以确定出DNA的量。此外，因 DAPI 可透过完整的细胞膜，也可用于 活细胞 和固定细胞的染色。在荧光显微镜下进行观察，DAPI染料 是利用紫外光波长的光线进行激发。单独 DAPI 的最大吸收波长是340nm，DAPI的最大发射波长是488nm；当 DAPI 与 双链DNA 进行结合，DAPI的最大吸收和发射波长分别为：364nm，454nm（10 mM Tris pH7.0，100 mM NaCl，10 mM EDTA），其发散光的波长范围含盖了蓝色至青绿色。DAPI也可与RNA进行结合，但产生的荧光强度只有约为DNA结合的荧光强度的1/5，其发散光的波长范围约在500nm左右。