分子是物质中能够独立存在并相对稳定并保持物质物理化学性质的最小单位。
分子是由原子组成的，原子通过一定的力按一定的顺序和排列组合成分子。以水分子为例，水不断分离，直到水的性质不被破坏。
此时出现的最小单位是由两个氢原子和一个氧原子组成的水分子（H2O）。一个水分子可以通过电解或其他方法细分为两个氢原子和一个氧原子，但其特性与水完全不同。
有些分子只由一个原子组成，称为单原子分子，如氦气和氩气。这种单原子分子既是原子又是分子。
由两个原子组成的分子称为双原子分子，如氧分子（O2）和一氧化碳分子（CO）：氧分子由两个氧原子组成，是同核双原子分子； 一氧化碳分子由一个氧原子组成，一个碳原子构成一个异核双原子分子。
由两个以上原子组成的分子统称为多原子分子。 一个分子中的原子数可以是几个、十几个、几十个，甚至几万个。 例如，一个二氧化碳分子 (CO2) 由一个碳原子和两个氧原子组成。
一个苯分子含有六个碳原子和六个氢原子（C6H6），有些分子含有数百个原子，如赖脯胰岛素，分子式为C257 H383 N65O77S6。