革兰染色切片内，念珠菌为蓝色（革兰阳性），曲霉菌和毛霉菌则为红色（革兰阴性），但毛霉菌着色较浅，结构不清。因系中性红对比染色，细胞核亦染为红色，与霉菌孢子鉴别有困难.放线菌及隐球菌均未着色。
PAS法染色：以淡绿作对比染色较苏木紫为佳，霉菌均显红-紫色菌丛中隔及孢子均明显可见。
Grialey氏醛品红-PAS法染色：霉菌丝及孢子均染成程度不同的红-紫红色。但背景亦为浅紫色，对比不鲜明，但霉菌着色深，镜下观察仍较常规紫色者为优。
  Grocott-Gomori二氏乌洛托品硝酸银染色法：霉菌均染成黑色，当染色深浅适当时，切片中菌丝的壁，孢子的包膜及菌丝中隔均呈深黑色，菌丝内部显暗褐色，结构清楚，改用淡绿对比染色，较苏木紫伊红染色为鲜明，适合观察和摄影。
 Mallory氏纤维蛋白改良法：霉菌染为蓝-深紫色，背景是苏木紫及伊红染色，因此近似常规染色，只是霉菌较深。
在常规染色中，霉菌的孢子及菌丝一般均染成浅蓝色，较细胞核为浅，因为是蓝色，有时孢子难以与细胞核或已破碎的细胞核鉴别，而菌丝也长不能和已挤压成丝状的细胞核鉴别。所以，常规染色和其他霉菌染色比较，发现常规染色存在以下问题:（1）每张切片中所见到霉菌的数量远不及其他霉菌染色多;（2）在常规染色中，有3例未找到霉菌的切片，做了霉菌染色即能证实有霉菌存在。