极性和非极性这两个概念经常和疏水亲水联系在一起。根据相似相容原理，极性溶质溶于极性溶剂中，非极性溶质溶于非极性溶剂中。水经常作为溶剂，其是极性的。所以极性氨基酸可看作是溶于水的氨基酸，反之，则不易溶于水。
另一方面，你也可以从氨基酸结构来看，氨基酸的性质主要取决于侧链基团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是疏水的，如果含有极性侧链基团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2等，那么这个氨基酸就是极性的。
和亲水疏水联系起来，例如大部分蛋白质表面多为极性性氨基酸，内部为非极性氨基酸，正常情况下，这些蛋白质溶于水，但是当其变性以后，内部的非极性氨基酸暴露出来，这时候蛋白质就沉淀了。