性质不同：
凝血酶原：血液凝固因子之一。存在于血浆中，亦称第Ⅱ因子。
凝血酶：是一种白色至灰白色非结晶物质，通常为冻干粉。
作用不同：
凝血酶原：凝血酶原在凝血机制中起着中心的作用。在激活的因子Ⅴ和由血小板或其他细胞提供的磷脂表面存在的条件下，被激活的因子Ⅹ激活形成凝血酶。凝血酶是一种蛋白水解酶，对多种凝血因子具有水解作用。
凝血酶：凝血酶直接作用于血液凝固过程的最后一步，促使血浆中的可溶性纤维蛋白原转变成不溶的纤维蛋白，从而达到速效止血的目的。而且还能促进上皮细胞的有丝分裂，加速创伤愈合，是一种速效的局部止血药。
特点不同：
凝血酶原：特点是抗原水平正常或正常低限凝血酶原活性减低；低凝血酶原血症(Ⅰ型缺乏），以抗原和活性同时降低为特点。
凝血酶：凝血酶能使纤维蛋白原转化成纤维蛋白。局部应用后作用于病灶表面的血液很快形成稳定的凝血块，用于控制毛细血管、静脉出血，或作为皮肤、组织移植物的黏合、固定剂。pH<5时失效。