以提取RNA为例，由于细胞内大部分RNA是以核蛋白复合体的形式存在，所以在提取RNA的时候要利用高浓度的蛋白质变性剂，迅速破坏细胞结构，使核蛋白与RNA分离，释放出RNA。再通过酚，氯仿等有机溶剂处理，离心，使RNA与其他细胞组分分离，得到纯化的总RNA。
在提取的过程中要抑制内源和外源的RNase活性，保护RNA分子不被降解，因此用到没有RNA酶活性的异硫氰酸胍。
提取缓冲液中一般含有SDS，酚，氯仿，胍盐等蛋白质变性剂，也能抑制RNase活性。并有助于除去非核酸成分。