1.杀稻瘟菌素主要用来防治水稻稻瘟病和极毛杆菌素菌引起的病害。防治叶瘟、穗颈瘟时可用2%乳油的500～1000倍稀释液喷雾。对水稻、胡麻叶斑病及小粒菌核病也有一定的防治效果，对水稻条纹病毒病的感染率也有降低作用。使用浓度超过40mg/L时，易发生药害。
2.农用抗菌素。具有内吸治疗作用，主要用于防治稻瘟病，能抑制稻瘟病菌孢子和菌丝生长，也能抑制多种细菌和其他真菌，如烟草花叶病和水稻条纹病毒亦有抑制作用。用2%乳油500～1000倍液可防治稻叶瘟、穗颈瘟。
3.能抑制酵母菌和霉菌的生长。在农药上应用的是灭瘟素的硫酯盐和月桂酸硫酸盐。对鱼类无毒性，能防治稻瘟病、土豆叶霉病和亚麻立枯病等。也可与汞剂农药配合使用。
基因工程应用：主要用来筛选转化或转染的细胞，此类细胞中含有抗杀稻瘟菌素基因。