不同的固定相对不同的分析物的影响不同，根据相似相溶原理，性质越相近，固定相对其的流动阻力越大，其保留时间越长。色谱柱就是通过这个原理将不同性质的混合物相互分开的。
气相色谱柱的分离效果主要取决于其固定相、柱长度、柱内径、液膜厚度这几个因素，从原理上讲，这几个因素相同的柱子，其分离效果也是完全一样的。