外源基因进入细胞的主要方法有四种：电击法，磷酸钙法，脂质体介导法和病毒介导法。
电击法：是在短时间内暂时穿孔细胞，使外源质粒进入。
磷酸钙法和脂质体法：是使用不同的载体材料通过直接膜穿透或膜融合法携带质粒，使外源基因进入细胞。病毒方法是用包装有外源基因的病毒感染细胞以使其进入细胞的方法。
然而，由于电击法和磷酸钙法的实验条件的严格控制和困难；病毒方法的前期准备工作较为复杂，可能会对细胞产生较大影响。所以现在对于许多常见的细胞系，一般的瞬时转染方法大多采用脂质体法。
使用脂质体转染最重要的是防止其毒性。因此，脂质体与质粒的比例，细胞密度和转染时间以及培养基中血清的含量都是影响转染效率的重要因素。实验中探索的合适的转染条件对效率的提高有巨大的影响。